1950年3月，解放军发起海南战役。一如薛岳所料，海南守军士无斗志，一触即溃。4月底，薛岳奉命把这一生最后调教的3个军完整撤到台湾。移交部队后，薛岳手上已无一兵一卒。
蒋介石先后给了薛岳几个虚衔，如“总统府战略顾问”、“中国国民党改造中央评议委员会主席团主席”、“行政院政务委员”、“光复大陆设计委员会主任委员”等。两蒋父子固然执礼甚恭，但并不授予实权。薛岳无兵可带，无仗可打，百无聊赖，多半闲居在台湾南部嘉义乡间，过着闲云野鹤、与世无争的半隐退日子。
蒋介石、蒋经国父子相继亡故后，李登辉当政。李大搞“修宪”勾当，妄图扩大自身职权，有意连任“总统”，引起岛内反对声浪。有着“国民大会代表”身份的薛岳，拒绝签署国民党提出的“宪法”修改方案，引起外界关注。个性耿介的薛岳难免得罪心胸狭窄的李登辉，李某几度以“小动作”为难薛老将军。
薛岳在担任“光复大陆设计委员会主委”时，他在台北的房舍是由“光复大陆设计委员会”编列经费，向台湾银行承租。1991年，李登辉把这个委员会裁撤，薛岳只好自付租金。台湾银行欲索高额房租，薛岳不接受，台银便于1993年把薛岳告上法院。
对待薛岳这种“功在党国”的老将军，若在两蒋时代，别说台银这种官僚银行不敢动他一根汗毛，即使房东与房客间真有房租纠纷，两蒋只需大笔一挥，就可动支特别预算经费代缴房租，根本无须薛岳付一毛钱，更不可能演变成打官司的难堪场面。薛岳对国家民族的贡献，难不成还抵不上台湾银行的一幢破旧房子？明眼人都看得出来，这显然是李登辉挟怨报复，存心出薛岳的洋相。
1998年5月3日，103岁高龄的薛岳将军逝世。办理后事期间，李登辉当局协助处理丧葬事宜的单位草率无礼，竟连殡葬仪式中覆盖“国旗”、党旗的人选都要家属自行设法邀请，此事招致薛岳昔日部属大感不平。
